中央研究院歷史語言研究所（下稱本所）自民國十七年創所以來，即積極地從事考古調查與發掘的工作，在大陸期間，曾歷經了幾次大規模的考古發掘，其中尤其以安陽殷墟發掘最為著名，影響學術界也最大，更為中國考古學在世界展露頭角的代表作，其出土品證實了商王朝的信史地位，在考古學、上古史、歷史學研究影響更為深遠。在三○年代前後，本所在山東城子崖的調查與發掘工作，發現了與仰韶的彩陶文化有別的黑陶文化，成為龍山文化的命名遺址，其遺物的重要性不言而喻。在汲縣山彪鎮與輝縣琉璃閣發掘的東周墓葬，也出土了相當豐富而精緻的青銅與玉器。這些發掘的遺物、記錄、檔案，大部份收藏在本所，其中包括新石器時代仰韶文化、龍山文化、商代、西周、戰國時代、乃至漢魏隋唐的遺物。這批遺物代表著中國考古學成立初期極重要的工作成果，許多遺物與遺跡的獨特性與唯一性，是目前擁有豐碩成果的彼岸考古工作所無法完全取代的。 　　自本所遷臺以後，時任本所考古組主任的李濟先生即在臺灣大學籌設考古人類學系（現改稱人類學系），當時本所考古組的成員如高去尋、石璋如兩位先生，都在該系任課，以培養考古學人才。此外，本所並積極從事臺灣遺址的調查發掘工作，從民國三十八年底開始，短短數年間，石璋如先生便帶領學生走遍全省各地，先後調查發現、發掘許多重要遺址，為這塊土地上的古代史研究，展開新的一頁，當時工作所得的遺物，均收藏在臺灣大學。到了民國六十年代，本所參與的考古學整合計畫「臺灣省濁水溪與大肚溪流域自然史與文化史科際研究計畫」，該計畫工作的部份考古遺物收藏在本所。此後，臺灣考古在本所的工作課程上逐漸加重，因之而來的考古遺物也以相當迅速的速度增加。目前本所收藏臺灣考古數量十分龐大，其中最主要的，包括大肚溪和濁水溪流域、澎湖群島、隘寮溪、曲冰；十三行、大馬璘、頂坎子、草鞋墩、平林、田寮園、洞角、以及龜山等遺址文物。